Die Kirche St. Michael wurde den Jesuiten 1921 wieder zur Seelsorge übergeben. Von Anfang an waren das regelmäßige Beichtangebot und die großen Liturgien mit Kirchenmusik und Predigt das Markenzeichen von St. Michael. Heute ist die Seelsorge an St. Michael ein Gemeinschaftswerk von Jesuiten und haupt- und ehrenamtlichen Mitarbeiter- innen und Mitarbeitern (Näheres finden Sie hier).

Direkt hinter dem Chor der Kirche wohnen zurzeit acht Jesuiten, fünf weitere Jesuiten leben und arbeiten außerhalb der Jesuitenkommunität. Superior und Leiter der Kommunität ist P. Andreas Leblang SJ. Er leitet die Glaubensorientierung und ist stv. Kirchenrektor von St. Michael. Als Kirchenrektor von St. Michael ist P. Karl Kern SJ auch der Leiter des Zentrums (Maxburgstraße 1). P. Peter Linster SJ ist neben seiner Aufgabe als Rektor der Bürgersaalkirche in der Beichtseelsorge tätig. P. Andreas Batlogg SJ verstärkt als Seelsorger und Prediger das Angebot von St. Michael. P. Herbert Graupner SJ bietet Exerzitien im Alltag und geistliche Begleitung an. Zum Seelsorgsteam von St. Michael gehören auch P. Klemens Stock SJ sowie P. Martin Stark SJ, der für Kommunikation & Fundraising der Jesuitenprovinz verantwortlich ist. Zur Kommunität von St. Michael gehören außerdem Br. Karl Heinz Lang SJ sowie P. Johannes Gesthuisen SJ, der im Mutterhaus der Barmherzigen Schwestern lebt. Außerhalb der Kommunität leben ferner P. Bernd Franke SJ, der im Exerzitienhaus Schloss Fürstenried arbeitet, P. Matthias Huber SJ, der als Seelsorger bei der Congregatio Jesu in Nymphenburg tätig ist, sowie P. Georg Kappeler SJ als Seelsorger in der  Pfarreiengemeinschaft Utting-Schondorf.

Das Anliegen der Jesuitenkommunität ist es, in Kirche und Zentrum "den Seelen zu helfen", wie es der Gründer des Jesuitenordens, der Hl. Ignatius von Loyola (1491-1556), ausdrückte. Die ignatianische Spiritualität ist weltzugewandt und christuszentriert. Sie steht im Dienst der Kirche und nimmt den einzelnen Menschen mit seinen Fähigkeiten ernst. Glaube in Freiheit zu vermitteln, die Welt in Gerechtigkeit umzugestalten, diesen großen Zielen des Jesuitenordens weiß sich auch die Kommunität von St. Michael verpflichtet.