Die ältesten und traditionsreichsten Ensemble der Michaelsmusik sind Michaelschor und Orchester. Sie blicken auf eine Tradition zurück, die mit der Weihe der Altäre im Jahr 1592 und dem damaligen Hofkapellmeister Orlando di Lasso beginnt und die sich immer in der Tradition großer und festlicher Kirchenmusik stehend gewusst haben. Heute sind Chor und Orchester ein wesentlicher Bestandteil im großen Konzert aller Ensembles der Michaelskirche.

Das Repertoire umfasst alle großen Messkompositionen des 18. und 19. Jahrhunderts und erweitert sich ständig vor allem auch ins 19. und 20. Jahrhundert hinein.

Unter den besonderen Highlights der vergangenen Jahre ragt sicherlich die Uraufführung der "MISSA" von Moritz Eggert im Jahr 2008 heraus, welche für den 850. Stadtgeburtstag von der Ernst-von-Siemens-Musikstiftung und der Kirchenstiftung St. Michael in Auftrag gegeben wurde und große Beachtung fand.
Ebenso bedeutend für Chor und Orchester waren in den letzten Jahren die Aufführungen großer Oratorien wie Mendelssohns "Elias" (2016), die "Messa da Requiem" von Verdi (2017) oder die Uraufführung von Enjott Schneiders Psalm 88 (Aus abgrundtiefer Finsternis, 2019) anlässlich des 75. Jahrestages der Zerstörung von St. Michael.

Der Chor ist heute ca. 60 Sängerinnen und Sänger stark und probt regelmäßig zwei Mal pro Woche. Das Orchester der Michaelskirche besteht ausschließlich aus professionellen Musikern der vier großen Orchester Münchens, ein wesentlicher Garant für das hohe Niveau der Kirchenmusik an unserer Kirche. Konzertmeister sind Peter Riehm (BR Sinfonieorchester) und Michael Durner (Bayerisches Staatsorchester).