St. Michael ist der erste und größte Renaissancebau nördlich der Alpen und prägte für zwei Jahrhunderte den Kirchenbau in Süddeutschland. Münchens Straßen und Gassen waren eng wie in allen mittelalterlichen Städten. Da war kein Platz, um große Fassaden zu bewundern. St. Michael erhielt als Erste ein große Schauwand, Fassade genannt (italien. faccia, Gesicht). Die Kirche wurde nicht mehr geostet, obwohl das in den ersten Plänen vorgesehen war. Der gesamte Bau sollte in die Stadtarchitektur eingepasst werden. Die Fassade stellt dem Betrachter das politisch-religiöse Programm des Herzogs vor Augen: Auf der Spitze prangt das vergoldete Kreuz, in dem sich die Strahlen der Sonne spiegeln. Herzog Wilhelm hatte eine besondere Beziehung zum Erzengel Michael, da er an dessen Festtag, dem 29. September 1548, geboren wurde. In der Mitte zwischen den Portalen erscheint der Kirchenpatron, der für den Sieg des Lichtes über die Finsternis steht. Zwischen der Christusfigur im Giebel und Michael stehen in drei Reihen Standbilder von Fürsten, die in Bayern den christlichen Glauben begründet und sich um die katholische Prägung des Landes verdient gemacht haben.

Hoch, weit und hell stellt sich der Innenraum der Michaelskirche dem Besucher dar. Licht und Schatten modellieren die weite Schale der Wölbung. Die lichte Raumfläche für Langschiff und Chor beträgt 1500 Quadratmeter, die Höhe 28 Meter und die Länge 80 Meter. Das große Tonnengewölbe mit einer Spannweite von 20 Metern und der prächtige weiß Stuck bewirken einen überwältigenden Gesamteindruck. Zwischen starken Wandpfeilern sind gerundete Seitenkapellen integriert; über ihnen strömt aus den großen Fenstern der Emporen Licht in den Raum. Die architekturgeschichtliche Bedeutung dieses großen, säulenlosen Raums, sein Vorbildcharakter für zwei Jahrhunderte, liegt in den drei Jochen des Langhauses, die 1589 vollendet waren.

Der Blick des Eintretenden richtet sich sofort auf den Hochaltar. Dieser nimmt das Programm der Fassade wieder auf: In seiner Spitze erscheint Jesus Christus als der am Ende der Zeit wiederkommende Herr. Im Altarblatt ermutigt Michael zum Einsatz für das Gute im Kampf des Lebens. Heiligen- und Apostelfiguren umsäumen den Chor im Gewände. Der lichte Chorraum stellt den Raum der Auferstehung dar. Der Gekreuzigte als der bereits Erhöhte bildet vor dem Chor das Zentrum der Kirche. Zu ihm blickt Maria Magdalena auf. Sie kniet dort als Sinnbild für jeden Menschen, der sein Leben auf Jesus Christus hin ausrichtet und das Angesicht des Erlösers sucht.

Das Kirchenschiff symbolisiert den Lebensweg des Menschen unter der Weite des Himmels mit dem Ziel der himmlischen Vollendung. Jesus Christus ist diesen Weg vorangegangen. Zwischen den beiden Portalen steht er als Kind und Weltenherr: Gott naht sich der Menschheit in der Ohnmacht eines Kindes. Der Weg Jesu führt zum Kreuz, doch in all dem ist er von guten Mächten behütet; das symbolisieren die Engel in den Nischen des Hauptschiffs.

Unter dem Bogen an den Stufen zum Chor markiert das Kreuz die Schwelle des Todes. Rechts und links führen Stufen hinab in die Krypta, den Raum der Verstorbenen. Doch führen auch sieben Stufen, Anspielung auf die sieben Sakramente, hinauf in den Chor, den Raum der Auferstehung. Auf ihrem Weg durch die Geschichte wird die Gemeinde genährt vom Wort (Kanzel, Ambo) und vom Tisch des Herrn (Altar). Die Bilder der Altäre im Querschiff deuten das zentrale Kreuzesgeschehen: Auf der einen Seite das Opfer des Alten Bundes (Dreifaltigkeitsaltar) und im westlichen Querschiff die bleibende Gegenwart des Auferstandenen im verwandelten Brot. Die Bilder der Seitenaltäre weisen hin auf Heilige, die den Weg der Nachfolge Jesu exemplarisch vorausgegangen sind. Die Beichtstühle, heute in den Seitenkapellen, standen ursprünglich unter den Engeln mit den Leidenswerkzeugen. Durch das Leiden Jesu hat Gott gezeigt, dass Versöhnung immer möglich, wenn sich Menschen ihm zukehren. Für diesen befreienden Neuanfang steht das Beichtsakrament.

St. Michael ist ein kosmischer Bau mit Christus als Zentrum. IHS, die latinisierten drei ersten Buchstaben des griechischen Namens Jesu, sind mit der Sonnenscheibe in den vier Himmelrichtungen in den Bau eingezeichnet: im Süden unter der Empore, im Norden auf der Spitze des Hochaltars, im Osten und Westen über den Seitenschiffen.  Die universale und christozentrische Sicht der ignatianischen Exerzitien spiegelt sich in diesem großen Kunstwerk der Renaissance. Die Jesuitenpatres sehen zusammen mit ihren Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern auch heute ihre Aufgabe darin, den Menschen zu helfen, dass sie den Weg zu Gott finden.