Die ältesten und traditionsreichsten Ensemble der Michaelsmusik sind Michaelschor und Orchester. Sie blicken auf eine Tradition zurück, die mit der Weihe der Altäre im Jahr 1592 und dem damaligen Hofkapellmeister Orlando di Lasso beginnt und die sich immer in der Tradition großer und festlicher Kirchenmusik stehend gewusst haben. Heute sind Chor und Orchester ein wesentlicher Bestandteil im großen Konzert aller Ensembles der Michaelskirche.

2011 - Reorganisation und Erweiterung der Orgel um ein deutsches Schwellwerk durch die Orgelbaufirma Rieger aus Vorarlberg/Österreich (Einweihung 30.10.2011). Dabei wird der Prospekt des Jesuitenbruders Johann Hörmann aus dem 17. Jahrhundert beibehalten und ein Großteil des Pfeifenmaterials der Vorgängerorgel (Sandtner-Orgel 1982/83) wiederverwendet. Die heutige Rieger-Orgel ermöglicht eine stilgerechte Interpretation eines sehr breiten Spektrums an Orgelmusik und liefert eine ideale Ausgangsbasis für anspruchsvolle Improvisationen.  

In der Tradition der Hofkapelle zur Bauzeit der Michaelskirche ist das Collegium Monacense St. Michael als professionelles Vokalensemble der ideale Klangkörper zur Aufführung von Musik vor allem aus der Renaissance und des Frühbarock. Aber auch alle anderen Stilrichtungen sind in entsprechender Besetzungsgröße Aufgaben unseres Collegiums.